PDI-P yang dipimpin oleh Megawati Soekarnoputri berhasil meraup suara terbanyak.
Meskipun PDI-P berhasil memenangkan pemilu legislatif, MPR menetapkan Abdurrahman Wahid -- yang akrab dipanggil Gus Dur-- dari PKB sebagai Presiden, bersama dengan Megawati Sukarnoputri sebagai wakil Presiden.
Pasangan tersebut tidak menyelesaikan masa jabatannya karena Sidang Istimewa MPR memutuskan untuk melengserkan Gus Dur.
Hingga pada akhirnya MPR menunjuk Megawati yang semula sebagai wakil presiden sebagai Presiden pada 2001.
Di bawah kepemimpinannya saat itu, Megawati berduet dengan Hamzah Haz sebagai wakil Presiden.
4. Pemilu 2004-2019 Pemilihan Langsung
Pemilu 2004 juga mencatatkan tonggak sejarah dalam demokrasi Indonesia karena presiden, wakil presiden, anggota DPR, dan DPRD untuk pertama kalinya dipilih secara langsung.
Sebanyak 24 partai tercatat ikut serta dan diselenggarakan dalam dua putaran.
Pasangan Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) dari Partai Demokrat dan Jusuf Kalla dari Golkar akhirnya berhasil meraih kemenangan, mengalahkan empat pasangan lainnya, pada putaran kedua.
SBY kembali mencalonkan diri untuk masa jabatan keduanya sebagai presiden pada pemilu 2009, dengan menggandeng mantan menteri keuangan Boediono.
Pemilu tersebut diikuti oleh 44 partai politik dan tiga pasang capres dan cawapres yang bersaing untuk meraih dukungan masyarakat.
Meski demikian, SBY dengan mudah melenggang kembali ke Istana Negara untuk periode kedua lewat satu putaran.
Pemilu 2009 juga mencatat keikutsertaan partai lokal di Provinsi Nangroe Aceh Darussalam dalam pemilu legislative lokal.
Menurut data Perpustakaan Nasional, ada enam partai Aceh yang mengikut pemilu yaitu Partai Aceh, Partai Aceh Aman Sejahtera, Partai Bersatu Aceh, Partai Daulat Aceh, Partai Rakyat Aceh, dan Partai Suara Independen Rakyat Aceh (Partai SIRA).
Kemudian, pada pemilu 2014 diikuti oleh 12 partai politik.
Pasangan Joko Widodo-Jusuf Kalla berhasil meraih kemenangan telak lewat satu putaran.