Walaupun memiliki banyak manfaat, implementasi pendidikan nasionalis religius tidaklah mudah. Beberapa tantangan yang dihadapi meliputi: (a) Kurangnya sumber daya, banyak sekolah yang belum memiliki kurikulum yang jelas dan sumber daya yang memadai untuk mengimplementasikan pendidikan ini.
(b) Perbedaan pemahaman, terdapat perbedaan dalam pemahaman nilai-nilai agama dan kebangsaan di antara masyarakat, yang dapat menimbulkan konflik. (c) Globalisasi, pengaruh budaya asing dan globalisasi yang semakin kuat dapat mengikis nilai-nilai lokal dan religius.
Dalam ranah Muhammadiyah, konsep pendidikan nasionalis religius bukanlah barang baru, sejak dulu sekolah-sekolah Muhammadiyah telah menerapkan pembelajaran yang mengintegrasikan nilai-nilai kebangsaan dengan ajaran Islam. Muhammadiyah, sebagai salah satu organisasi Islam terbesar di Indonesia, memiliki peran penting dalam membentuk karakter dan identitas bangsa melalui pendidikan.
Adapun beberapa prinsip utama pendidikan nasionalis religius yang dikembangkan oleh Muhammadiyah, meliputi: Pertama, integrasi nilai-nilai Islam dan kebangsaan, Muhammadiyah mengajarkan bahwa cinta tanah air adalah bagian dari iman. Oleh karena itu, pendidikan yang diberikan tidak hanya berfokus pada aspek akademis, tetapi juga pada penanaman nilai-nilai kebangsaan yang sejalan dengan ajaran Islam.
Kedua, pengembangan karakter, pendidikan di Muhammadiyah bertujuan untuk membentuk karakter peserta didik agar menjadi individu yang berakhlak mulia, jujur, dan bertanggung jawab. Hal ini sejalan dengan visi Muhammadiyah untuk menciptakan generasi yang tidak hanya cerdas, tetapi juga beretika.
Ketiga, pendidikan multikultural, dalam menghadapi keragaman budaya dan agama di Indonesia, Muhammadiyah menerapkan pendidikan yang menghargai perbedaan. Ini penting untuk menciptakan masyarakat yang harmonis dan toleran.
Implementasi pendidikan nasionalis religius oleh Muhammadiyah dampaknya sangat signifikan terhadap masyarakat, antara lain: (a) Meningkatkan kesadaran berbangsa, peserta didik yang mendapatkan pendidikan ini cenderung memiliki kesadaran yang tinggi terhadap identitas nasional dan tanggung jawab sebagai warga negara. Mereka diajarkan untuk mencintai tanah air dan berkontribusi positif bagi masyarakat. (
b) Mendorong toleransi dan kerukunan, dengan mengajarkan nilai-nilai toleransi dan saling menghormati, pendidikan ini berperan dalam menciptakan masyarakat yang damai dan harmonis, meskipun terdapat perbedaan latar belakang.