Kata pondok di mungkinkan berasal dari bahas Arab funduq yang berarti ruang tidur, wisma, hotel sederhana. Lalu Puerbakawatja dalam bukunya Ensiklopedia Pendidikan menerangkan kata pesantren berasal dari kata santri, mendapat tambahan awalan “pe” dan akhiran “an” yang menentukan tempat. Jadi pesantren berarti tempat para santri.
Lebih lanjut M. Arifin, dalam Kapita Selekta Pendidikan (Islam dan Umum) menjelaskan bahwa pondok pesantren berarti bangunan sederhana yang digunakan santri dalam proses pendidikan agama. Pengertian lain pondok pesantren adalah lembaga pendidikan Islam yang sekurang-kurangnya memiliki 3 (tiga) unsur yaitu kyai yang mendidik dan mengajar, santri yang belajar dan masjid tempat mengaji. Selanjutnta Manfred Ziemek dalam Pesantren dalam Perubahan Sosial menambahkan untuk lebih lengkapnya bisa ditambah dua unsur lagi yaitu pondok dan pengajaran ilmu.
Kelima unsur yang dimaksud dapat membedakan lembaga pendidikan pesantren dengan lembaga pendidikan yang lain yang ada di Indonesia. Pondok pesantren memiliki tujuan sesuai dengan dalil : pendidikan dalam pesantren ditujukan untuk mempersiapkan pimpinan-pimpinan akhlak dan keagamaan.
Diharapkan bahwa para santri akan pulang ke masyarakat mereka sendiri untuk menjadi pemimpin yang tidak resmi dari masyarakat. Sehingga pendidikan ini lebih mengutamakan dan mementingkan pendidikan akhlak atau moral dalam bentuk kepribadian muslim, hal ini sesuai dengan konsep tujuan utama pendidikan Islam.
Seiring perkembangan zaman, serta tuntutan masyarakat atas kebutuhan pendidikan umum, kini banyak pondok pesantren yang menyediakan menu pendidikan umum dalam pesantren. Menurut Zamakhsari Dhomir, memandang dari perspektif keterbukaan terhadap perubahan-perubahan yang terjadi, kemudian membagi pesantren menjadi dua kategori yaitu salafi dan khalafi.
Sebuah pesantren di sebut salaf jika dalam kegiatan pendidikannya semata-mata berdasarkan pada pola-pola pengajian klasik/lama,yakni berupa pengajian kitab kuning dengan menggunakan metode pembelajaran tradisional serta belum dikombinasikan dengan pola-pola pendidikan modern, dan kitab kuning masih sebagai inti pendidikannya.
Penerapan sistem madrasah untuk memudahkan sistem sorongan tanpa mengajarkan pengetahuan umum. Sedangkan pondok pesantren dikatakan khalafi/modern jika pesantren itu disamping tetap melestarikan unsur-unsur utama pesantren tetapi telah memasukan pelajaran umum dalam madrasah-madrasah yang dikembangkan atau membuka tipe-tipe sekolah umum dalam lingkungan pesantren.
//Transformasi Pondok Pesantren
Kabar gembiranya, pada saat ini pondok pesantren mengalami transpormasi yang signifikan seiring laju perubahan masyarakat Indonesia. Materi-materi pendidikan yang dilayani juga bertambah. Tidak hanya pembelajaran kitab kuning, kini banyak pondok pesantren yang menawarkan keunggulan bahasa, tidak hanya bahasa arab tapi bahasa asing lainnya. Saat ini banyak pondok pesantren yang membekali santri dengan ketrampilan kehidupan, sehingga diharapkan santri ketika pulang dari pesantren tidak hanya terampil memimpin tahlilan namun akan tampil menjadi pelopor kemajuan ekonomi masyarakat secara luas.